本发明公开了一种非小细胞肺癌微小残留病灶检测肿瘤组织基因突变图谱生物信息分析方法，包括以下步骤：(1)提取肿瘤组织和正常组织DNA，建立DNA文库并测序；(2)质控；(3)过滤；(4)融合基因检测；(5)与人类参考基因组进行序列比对；(6)肿瘤组织和正常组织成对数据进行体细胞突变检测；进行胚系突变检测；(7)对基因突变检测结果进行注释；(8)对注释结果进行文件整理，提取需要的列，方便进行非小细胞肺癌肿瘤组织突变位点筛选。本发明将非小细胞肺癌肿瘤组织基因突变检测的全流程进行系统性整合，使分析流程搭建更便捷，更好地辅助医生进行非小细胞肺癌肿瘤组织突变位点筛选，辅助患者进行微小残留病灶检检测治疗。