本发明公开了一种用于DCS控制器的FPGA编程文件可信更新加载系统及方法，将加载后的编程文件存放至内存，通过主机接口与FPGA通信；从内存中获取编程文件并进行可信计算，然后将计算得到的可信结果送入可信芯片进行可信再计算，并将可信再计算的结果进行存储；FPGA将从内存中获取的编程文件送入FLASH，将送入FLASH中的编程文件读入内存中进行哈希运算，然后将哈希运算结果送入可信芯片进行再计算，将再计算结果与可信芯片存储的再计算结果进行对比，若两者相等则通过可信验证，本发明在更新、加载过程中均进行数据的可信校验、确保数据的正确可靠性、进而保证系统的正确运行；若FLASH中文件遇到外界因素的影响发生变化、本发明提到的机制可以有效的检测到此问题。