本发明公开了一种基于IGDT的综合能源系统优化运行方法及系统，该方法首先构建含电、气、冷、热四种负荷的优化运行模型，利用价格型需求响应调节用户侧的可平移负荷，得到用户响应后的负荷结果；利用信息间隙决策理论处理风光出力和可调整负荷波动的不确定性，赋予风光出力和可调整负荷波动的偏差系数以不同权重，利用NSGA‑Ⅱ和PSO算法优化所述权重；针对不同类型的决策者分别建立风险规避鲁棒模型和风险偏好机会模型，求解所述不确定性的等效偏差系数；根据所述等效偏差系数优化系统运行；本发明建立了一种针对源荷不确定性，同时进行规划的改进IGDT方法，可以根据不同特点的场景，设置不同的权重系数，决策者可以根据实际情况进行定夺。