本发明公开了一种心脏磁共振图像处理方法及系统，该方法包括：从获取到的心脏磁共振图像中确定出心脏电影序列；通过预设分割神经网络模型对心脏电影序列中的各序列分别进行分割得到目标分割区域；基于目标分割区域在对应序列中截取固定尺寸的立方体图像数据，将立方体图像中的目标分割区域填充预设值的灰度值得到待提取立方体图像数据；通过预设提取神经网络从所述待提取立方体图像数据中提取特征信息，通过预设提取神经网络根据特征信息确定出初步分类结果；将各序列对应的初步分类结果加权融合得到融合结果，并将所述融合结果输入到预设分类器中得到分类结果，实现兼顾心脏磁共振图像的普及性和分类准确度，有助于医生更快速地确定患者情况。