本发明公开了一种基于丢番图逼近的插值滤波器组同步采样方法及系统，本发明基于丢番图逼近的插值滤波器组同步采样方法包括：通过时序参考脉冲触发的计数器估计实际采样间隔；结合实际采样间隔通过丢番图逼近确定插值滤波器组的降采样倍数L和上采样倍数K；结合降采样倍数L和上采样倍数K设计插值滤波器组的系数；利用插值滤波器组对原始的电网同步信号进行采样。本发明旨在实现一种仅需要利用时序参考脉冲、不需要其他额外的辅助设备或涉及复杂的硬件控制过程即可实现有效减轻采样时间误差的影响，提升电网同步采样的准确度。