一种柴油深度脱硫脱芳烃的方法，是原料油与氢气混合进入第一反应器，与加氢改质催化剂、加氢裂化催化剂或加氢精制催化剂接触，反应流出物在高温高压下经氢气汽提塔汽提后再与氢气混合进入第二反应器，与常规加氢精制催化剂接触，第二反应器的流出物依次进入高压分离器、低压分离器和分馏塔；分馏塔将反应产物分为石脑油和柴油馏分；从高压分离器和高压汽提塔分离出的富氢气流与新鲜氢气混合，分成两部分分别送至第一反应器和第二反应器。本发明提供的方法在中等压力下采用非贵金属催化剂脱除柴油原料的硫、芳烃含量，因此其成本较低。