本发明涉及一种利用复合酶从小龙虾废弃物中提取虾青素酯的方法，所述方法包括采用小龙虾废弃物作为原料，通过酶水解和油萃取步骤从所述原料中提取虾青素酯，其中，所述酶水解的步骤包括先后单独执行的第一酶水解步骤和第二酶水解步骤，所述第一酶水解步骤和第二酶水解步骤采用不同的霉菌。利用本发明的工艺和特定复合酶选取与独立两个水解步骤的使用，可以在工业化条件下生产出品质优异、杂质含量低，抗氧化性有效的虾青素酯。同时，可以改进龙虾提取虾青素的表面化学状态，一定程度上改善排水性，增加在水相中储存时的保存率。