本发明公开了一种长钢轨运输车组自动收轨系统，包括从后往前安置在作业尾车内的可折叠仿轨连杆、起吊收轨小车、可折叠牵拉连杆、承接收轨小车和控制机构，可折叠仿轨连杆、可折叠牵拉连杆呈左右对称设置，可折叠牵拉连杆连接起吊收轨小车和承接收轨小车，本发明还提供一种长钢轨运输车组自动收轨方法，包括以下步骤：步骤S1、通过控制机构将可折叠仿轨连杆放下搭在轨道上；步骤S2、起吊收轨小车被推着移动至展开的可折叠仿轨连杆上；步骤S3、起吊收轨小车同步带动承接收轨小车移动至轨道上；步骤S4、收道心钢轨；步骤S5、收两侧的砟肩钢轨；具有灵活性强、运用范围大、操作简单、方便、作业安全有保障、设计步骤环环相扣等优点。