本申请提供一种菌群匹配度的评估方法及相关装置，所述方法包括：获取与第一菌群对应的第一多组学数据和与第二菌群对应的第二多组学数据；基于第一多组学数据中的定量数据确定第一特征向量，以及基于第二多组学数据中的定量数据确定第二特征向量；获取第一菌群对应的第一有益菌数据和第一有害菌数据，以及获取第二菌群对应的第二有益菌数据和第二有害菌数据；基于第一特征向量与第二特征向量之间的第一距离、第一有益菌数据、第一有害菌数据、第二有益菌数据、以及第二有害菌数据输出用于表示第一菌群与第二菌群的菌群匹配度的评估结果。基于本申请提供的方法，可以有效评估供体菌群和受体菌群的匹配程度。