本发明公开了一种基于多主体博弈的微电网能源系统运行方法及系统，涉及配电网运行技术领域，该方法包括：基于能源供应商模型的运行成本、能源运营商模型的运营成本和用户模型的用能满意度，并根据各个模型的输入和输出，进行博弈互动的供给侧纳什均衡求解和需求侧纳什均衡求解；当供需循环求解的循环次数达到预置的迭代次数时，将达到迭代次数的供需循环求解的结果确定为供需最优解，供需最优解包括能源供应商模型、能源运营商模型和用户模型分别对应的供给侧纳什均衡解和需求侧纳什均衡解；实现给出能源运营商能源定价和电、热、冷网系统设备出力的最优方案，有利于解决微电网经济、高效供能的问题，使本发明可以在配电网技术领域中广泛应用。