本发明公开一种微电网能量管理方法及系统，涉及电网控制技术领域，方法包括确定微电网的表示微电网中各分布式电源的发电功率、发电成本、储能成本、微电网主电网交互成本、发电设备损耗成本以及储能设备损耗成本与微电网的运行成本之间的关系的运行成本目标函数，确定微电网的表示各分布式电源发电时的污染物排放量、储能时的污染物排放量以及微电网主电网交互时的污染物排放量与微电网对环境的污染程度之间的关系环境污染目标函数；基于上述目标函数采用遗传算法计算得到各分布式电源的发电功率最优分配值；根据发电功率最优分配值分别对微电网中的相应的分布式电源的发电功率进行控制，本发明实现了兼顾运行成本和环境污染的微电网能量管理。