本申请公开了一种基于扰动补偿的直线电机自适应控制方法，包括：获取直线电机运动系统的位置输入信号和测量输出信号；调用基于直线电机时滞模型构建的预估扩张状态观测器，根据总控制信号和测量输出信号获取总扰动估计信号和总扰动微分估计信号，进而计算总扰动超前补偿信号；通过根据总扰动补偿后的系统构建的Smith预估器获取无时间滞后的位置反馈信号；通过自适应内模控制器根据位置输入信号和无时间滞后的位置反馈信号计算初始控制信号；根据初始控制信号和总扰动超前补偿信号计算总控制信号，输出与总控制信号对应的驱动信号至直线电机运动系统的驱动端，以调节直线电机运动，提高了直线电机运动系统的定位精度以及抗干扰能力。