本发明提供基片输送方法、基片处理装置和存储介质，其抑制曝光后基片间的输送状态不均和通过显影形成于基片的图案不均。基片处理方法使用基片处理装置，其包括经由模块组和曝光机向承载器输送基片的输送机构组，输送机构组包括：按照前级模块、曝光机、第1后级模块输送基片的第1输送机构；按照第1后级模块、加热模块、显影模块、第2后级模块输送基片的第2输送机构；和后级输送机构，并包括：比较步骤，将曝光机中从送入至能够送出基片的时间间隔设为曝光机周期时间，将预定输送的基片的、从第2输送机构的输送区间向后级输送机构的输送区间输送基片的区间输送时间与曝光机周期时间比较；和设定步骤，根据比较步骤的结果来变更区间输送时间。