本申请公开了一种绩效薪酬管理方法及系统，涉及企业绩效管理技术领域，该方法包括获取多企业中所有相邻更换过的目标岗位绩效薪酬标准考核项目结构制定信息之间的结构差异部分信息，提取出所有结构差异部分信息与所有目标岗位绩效薪酬标准考核项目结构制定信息所更换的中间维持时段之间的关联系数，对目标企业目标岗位的绩效薪酬考核项目结构制定进行预测，并对所得目标企业目标岗位绩效薪酬标准考核项目结构中各项考核项目进行绩效标准设计，对目标岗位目标完成情况信息进行获取和考评核算，输出目标岗位最终所得薪资。本发明提供的一种绩效薪酬管理方法及系统，对企业目标岗位的标准绩效薪酬考核结构、标准进行便捷可更换性和高效率的设计。