本发明公开了一种相衬细胞显微图像清晰度增强方法及系统，涉及图像处理领域，方法包括如下步骤：利用非对称滑动窗口图像预增强算法对相衬细胞显微图像进行灰度值预增强，得到预增强的相衬细胞显微图像；利用弱结构特征提取算法对预增强的相衬细胞显微图像进行计算处理，得到弱结构特征图像；利用预增强的相衬细胞显微图像与弱结构特征图像作差分融合，得到增强相衬细胞显微图像。本发明采用多尺度导向滤波提取相衬显微图像的背景与边缘图像；采用多尺度差分运算进一步增强弱结构特征的清晰度；通过差分运算进一步解决弱边缘的问题，输出细节突出、结构完整、背景均匀的增强相衬细胞显微图像。