本发明实施例公开了一种无线电能传输系统的控制方法及装置、设备及存储介质，无线电能传输系统至少包括具有通讯连接的发射端与接收端，方法应用于接收端，方法包括：获取接收端的输出电压以及输出电压参考值，输出电压用于反映待供电负载两端电压；利用输出电压、输出电压参考值及预设的比例积分控制器，确定接收端的整流装置的第一脉冲密度指令；按照预设的第一映射规则，根据第一脉冲密度指令调制接收端的第一脉冲密度调制器的第一触发信号的第一频率，并向发射端发送第一频率。该方法的特点是接收端进行频率调制，并将第一频率发送给发射端，以便发射端通过锁相环与接收端同步。不仅减少对功率传输的干扰，还实现接收端到发送端的反馈通道。