本发明公开了一种他克莫司的结晶方法及其应用，涉及生物医药技术领域，包括将他克莫司粗品经色谱分离后得到的浓缩物溶解于第一极性溶剂中，保温一段时间后，再加入第二极性溶剂，加完后继续搅拌析晶，过滤、干燥，得到他克莫司；上述结晶方法在制备他克莫司中的应用。通过将他克莫司粗品经过色谱分离后得到的浓缩物溶解于第一极性溶剂中，保温一段时间后，再加入第二极性溶剂，搅拌析晶后获得的他克莫司的粒径大，异构体含量小，有关物质中的杂质个数少，结晶时间短，操作也很简单。