本发明公开了一种灵活燃料喷射的氨氢发动机燃烧系统，主要包括发动机子系统、能量回收子系统、燃料增压供给子系统、氨重整制氢子系统和电控子系统。发动机子系统包括安装在发动机缸盖中间位置的双直喷喷射器和火花塞，双直喷喷射器内部设有两条分别通向燃烧室的低压燃料通道和高压燃料通道；氨重整制氢子系统包括安装于发动机排气管外壁的重整器，重整器内部装有催化剂，外部装有重整器电加热装置。本发明采取的控制策略是利用双直喷喷射器灵活切换燃料的喷射压力，并实现重整气单燃料喷射和氨氢融合燃料的双燃料喷射。此外，本发明可通过能量回收子系统来驱动气驱增压泵提高燃料供给压力，充分利用燃料箱内燃料来延长车辆行驶续航里程。