本发明公开了一种基于深度学习的天然气流量计性能评估方法和系统，涉及天然气流量计性能评估技术领域，方法包括：获取天然气流量计性能关联的每个特征对天然气流量计的性能评估结果的影响值，将大于预设影响值阈值的影响值所对应的特征确定为目标特征，进而构建第一性能评估数据集，并对第一预设学习模型进行训练，得到第一天然气流量计性能评估模型；根据第一天然气流量计性能预测模型，预测待性能评价天然气流量计的性能评估结果。本发明中，选用对天然气流量计的性能评估结果影响大的特征作为目标特征，以进行模型训练，训练出的第一天然气流量计性能评估模型能够保证性能评估结果的精准度，且能极大减少模型训练的耗时。