本申请涉及一种基于荧光淬灭的固态纳米孔测序方法和应用。该方法包括：S1，将包含待测核酸片段的测序文库添加到纳米孔测序装置中电解池的正极腔室；S2，在电解池的正极和负极之间施加易位电压，使待测核酸片段穿过固态纳米孔薄膜上的固态纳米孔通道；其中固态纳米孔薄膜设置于电解池的正极和负极之间，以将电解池分隔成正极腔室和负极腔室，且固态纳米孔通道内修饰有荧光基团；S3，捕捉待测核酸通过固态纳米孔通道时发出的荧光信号和离子电流变化信号；S4，对捕捉的荧光信号和离子电流变化信号进行分析，进而确定待测核酸片段的碱基序列。该方法将光学检测和固态纳米孔检测相结合，能高通量、快速、准确、低成本对核酸进行大规模测序。