本发明涉及港口运营管理技术领域，特别是一种基于物理模型的大型港口运营管理方法及系统。获取港口的预设运营模型图，并在所述预设运营模型图中分离出港口预设位置的预设情景三维模型图；将所述实际情景三维模型图与预设情景三维模型图进行比较，得到情景偏差模型图；将使用状态为空闲状态的预设位置标记为可存放区域，并获取进港货船中的订单信息，根据所述订单信息对各可存放区域进行检索配对，得到存放该进港货船中货物的最终存放区域。基于物理模型的智能识别方法通过将计算机视觉、物理建模和深度学习技术融合在一起，克服了传统方法的限制，实现了更准确、高效、实时的货物卸货地点识别。