本发明涉及一种煤层高压水射流自动钻切协同系统及方法，属于煤层瓦斯治理领域。该系统包括钻切协同控制平台、自动调控切缝泵组和自动调控钻机；钻切协同控制平台包括瓦斯地质管理系统、决策分析系统、钻切协同执行系统、监测反馈系统和信息管理评价系统；自动调控切缝泵组和自动调控钻机执行钻切协同控制平台发出的施工作业参数指令；瓦斯地质管理系统记录煤层地质信息，决策分析系统基于所述煤层地质信息，分析并制定钻切合理施工参数。钻切协同执行系统与监测反馈系统按照作业参数命令实现钻切协同施工，对现场作业施工参数监测与实时反馈调整。信息管理评价系统评价钻切协同实施区域煤层防突治理效果。本发明提高了现场操作人员的安全性、减少人员的投入及劳动强度。