本发明公开了一种无损伤纳米压印转印方法及其应用，属于微纳加工技术领域。本方法包括如下步骤：(1)以正性光刻胶为模板材料，制作纳米压印模板图案；(2)所述纳米压印模板图案的空隙由不溶解于碱性溶液的转印材料完成填充，得到填充胶板；(3)所述填充胶板中的转印材料进行成型，利用紫外光对模板材料进行辐照，得到碱溶性胶板；(4)所述碱溶性胶板浸于碱性溶液，使模板材料完全溶解，得到转印结构图案，完成纳米压印转印。本发明采用溶解法脱模转印，避免了图样与模板间的转印缺陷，实现了无应力、无损伤的纳米压印转印，用于微纳加工领域，可实现高精度、无损的转印流程，应用前景广阔。