本发明公开了一种计及孤岛融合与应急资源两阶段配电网恢复方法和系统，该方法包括：获取配电网及分布式电源数据，并基于故障信息将配电网划分成多个孤岛；利用两阶段恢复方式进行故障恢复，其中，在孤岛融合阶段，利用源‑荷孤岛融合指标以及孤岛融合约束条件确定最优孤岛融合方案，并利用孤岛融合区域内的分布式电源对孤岛融合区域内的负荷恢复供电，得到孤岛融合恢复区域；在移动式应急资源调度阶段，发送信号紧急调度应急电源车以支援故障区域重要负荷并且发送信号以分派修复人员修复故障点；在故障点得到修复之后，将故障区域重构接入孤岛融合恢复区域以恢复对故障区域的供电。本发明的方法能够提高发电资源的利用率。