本发明公开了一种多鳞鱚耐低氧性状相关SNP分子标记，为以下5个SNP分子标记中的一个或几个，分别位于如SEQ ID NO：1所示SsMGST3b基因核苷酸序列自5’端起的第583、611、629、633和937位，第583位碱基为T或C，第611位碱基为A或G，第629位碱基为T或A，第633位碱基为T或A，第937位碱基为A或G，基因型为CT，AG，AT，AT和AA的个体耐低氧能力显著强于其他基因型个体，还公开了用于扩增SNP分子标记的引物和包括所述引物的试剂盒以及利用所述引物检测多鳞鱚耐低氧能力的方法，以及上述SNP分子标记、引物、试剂盒或检测方法在鉴别或选育耐低氧性状多鳞鱚品种中的应用。