本发明涉及隧道工程施工技术领域，具体为一种富水反坡隧道清污分流施工系统。包括：第一污水处理系统，所述第一污水处理系统设置在在衬砌已完成段进行污水处理；第二污水处理系统，所述第二污水处理系统设置在仰拱衬砌已完成拱墙衬砌未完成段进行污水处理，第三污水处理系统，所述设置在二次衬砌未施工段进行污水处理。大大减少污水体量、降低污水处理成本高、降低抽排水水管及水泵损耗率、缩短掌子面施工生产供水长度、节约洞内沉淀池清淤费用、大大降低水污染事件发生概率。