本发明提供了一种基于微焦点X射线的球团矿孔隙结构分类表征方法及系统，包括：S1：按照预设尺寸范围筛选球团矿样品；S2：对球团矿样品进行扫描，获得二维切片图像数据组；S3：对二维切片图像进行阈值分割，获取球团矿样品的基质和孔隙数据；S4：使用t算法对球团矿样品的孔隙数据进行运算，获取球团矿样品中连通孔隙和孤立孔隙数据；S5：通过二维切片图像数据组、连通孔隙数据和孤立孔隙数据进行建模，获取球团矿样品的三维图像模型和球团矿的孔隙网络模型；S6：对球团矿的孔隙结构特征参数提取和分析，本发明能够在无损条件下实现球团矿的三维可视化及其孔隙结构的三维表征，可行性强且操作简单。