本发明属于烟叶质量检测技术领域，具体涉及一种烟叶霉变检测方法及系统。本发明首先通过机器视觉识别出目标烟垛上可能存在霉变的区域，并进行标记，进而利用近红外光谱分析对烟垛上可能存在霉变的区域，即高霉变风险区进行有针对性的二次检测，将二次检测确认可能存在霉变的区域处的确存在霉变的烟垛判定为发生霉变的烟垛，由此节省了光谱分析检测的时间，同时提高了检测的准确率，能够兼顾机器视觉和光谱检测的优点；并且，本发明还通过不同设定环境下的霉变实验得到正常的烟叶和不同霉变程度的烟叶，将不同程度霉变烟叶铺撒在正常烟叶表面进行图像采集以生成烟叶的样本图像，用于机器视觉模型的训练，提高机器视觉模型识别烟叶霉变的准确性。