本申请公开了一种大型仪器设备运行监控系统及方法，系统包括服务器和多个上位机，服务器与每一个上位机通信连接，上位机与对应的一台仪器设备通信连接，获取仪器设备的通信日志文件的修改时间的更新标识以及修改时间信息，将更新标识、修改时间信息以及仪器设备的标识信息发送至所述服务器，更新标识用以指示通信日志文件的修改时间是否变化；服务器根据所述更新标识、修改时间信息以及仪器设备的标识信息，确定仪器设备的运行时间。本申请能够无感智能化采集仪器设备运行机时，无需增加额外的硬件设备成本，降低了科研成本，提高了大型仪器设备的利用率。