本申请实施例公开了一种继电保护装置的抗单粒子防护方法及防护系统，通过两次关键的CRC32检验码的比较判定，决定继电保护装置按运行数据区进行配置或运行数据区重写或执行装置闭锁命令。其中，实现运行数据区重写是将运行数据区中各类别的数据段按固定长度重新分块，使用二分法定位到运行数据区中发生内存异常的数据块，仅进行若干数据块的重写。本发明为继电保护装置关键数据内存设置多次数据校验，可有效检测由于单粒子翻转导致变化的数据块，并快速进行数据恢复或装置闭锁，以降低单粒子效应内存错误造成装置误动或拒动的电网运行风险。