本发明公开了一种页岩气井套变风险预测方法。本发明方法通过对页岩气井套变主控因素分析，引入三维地质建模技术，建立裂缝、岩相、地应力模型，明晰各因素的发育特征及空间展布情况，并利用建模成果建立“平面分区、纵向定段”的套变风险评价标准，在平面上将两向应力差值高和裂缝发育处列为I级套变区，从而确定I级套变平台和I级套变井；在纵向上，做过该井的岩相剖面，确定其岩性界面，从而确定I级套变点或套变段。本发明方法不仅能在平面上评估出套变风险区，更能在空间中精确评估到套变段或套变点，有效地提高了页岩气产建效果，从而支撑页岩气的效益开发，为解决页岩气井的套变问题提供新思路。