本发明公开了一种基于全尺寸病理图像的图神经网络基因标志物关联方法，首先，对全尺寸病理图像有关的大量基因标志物进行筛选；然后，将全尺寸病理图像切割为子图像，并通过感兴趣区域识别网络消除冗余子图像；接下来，采用提示分割算法对子图像确定全尺寸病理图像中的组织级区域，再使用残差神经网络从组织级区域中提取特征向量；下一步，使用提取到的空间信息和形态学特征构建起全尺寸病理图像表征图；最后，采用图同构网络准确捕获图结构信息，并使用全局排序池化联系起组织级区域与基因标志物表型，以实现全尺寸病理图像与基因标志物表型的关联。本发明能够解决全尺寸病理图像易出现的内存溢出问题，实现基因标志物在组织级区域上的预测。