本发明公开了一种高性能复合改性乳化沥青及其制备方法，包括以下质量份的原料：基质沥青40~50份，SBS树脂2~3份，鲸蜡醇棕榈酸酯1~2份，蒸馏水35~45份，改性填料的悬浊溶液6~10份，胶乳2~4份，可再分散性乳胶粉1~2份，乳化剂4~6份，稳定剂3~5份。本发明提供的高性能复合改性乳化沥青，采用先改性后乳化再改性的技术路线，将普通乳化沥青和优选的无机有机原材相结合，实现了改性乳化沥青制备工作效率的提升和综合应用性能的提升。