本发明涉及水文数据处理技术领域，尤其涉及一种感潮河流水文数据的处理方法及系统。所述方法包括以下步骤：对感潮河流进行实时水文数据收集，从而获取实时感潮河流水文数据，其中实时感潮河流水文数据包括潮位数据、潮流数据以及河流浊度数据，其中河流浊度数据包括感潮河流上、中、下游各河段对应断面的多垂线河流浊度数据；对潮位数据进行合理性校验，从而获取第一潮位过程线数据；构建自适应卡尔曼预测模型，利用自适应卡尔曼预测模型对第一潮位过程线数据进行差值补档，从而获取重构潮位数据。本发明提供了准确的感潮河流水文数据，并生成水文数据分析报告，为感潮河流的管理和保护提供重要支持。