本发明提供了一种混合动力船舶能效比率优化方法、系统、介质及设备，包括：步骤S1：构建船舶混合动力系统模型；步骤S2：基于船舶混合动力系统模型，以覆盖排放与运输量综合考虑的年度能效比率为优化目标，基于SCE‑UA算法对船舶全航程进行优化，得到船舶主机转速及电池功率，从而精确辅助船舶执行操作；所述船舶混合动力系统模型是通过柴油机模型、储能装置模型以及船舶动力与阻力模型反应船舶的物理特征。本发明通过采用SCE‑UA算法对船舶年度能效比率进行优化，减缓了船舶碳排放强度评级下降的趋势，延长了船舶的服役寿命。