本发明涉及生态风险评估技术领域，公开了基于生态保护红线划定的生态风险评估方法及预警系统，包括基于Matlab工具、基于Google Earth Engine平台中的JavaScript和Python的接口，调用NumPy、Pandas，并结合GEE平台的API读取和处理大规模的遥感影像数据预处理的数据预处理模块；对数据预处理模块处理得出的数据进行生态风险评估指数分级信息的指标计算模块；进行实时或定期获取数据预处理模块和指标计算模块的数据，并对数据进行更新和动态监测的动态监测模块；用于接收动态监测模块传入的监测信息，通过指标的变化趋势和阈值设定，触发预警并提供决策支持的预警和决策支持模块。本发明能够更准确实时了解生态系统的状态，形成监测指标数据，对生态保护和管理工作提供相关的参考依据。