本发明涉及一种基于深度学习的干扰无人机通信的系统及方法，属于无线通信技术领域。所述系统包括：动态干扰机构，用于在接收到机体预警信号时，启动对其周边区域的信号干扰动作；智能鉴定机构，用于基于无人机的各个过往时刻的位置数据智能解析其在未来时刻的位置数据；信号触发机构，用于在存在某一架无人机其在未来时刻的位置数据位于周边区域内时，在当前时刻发出机构预警信号。通过本发明，能够针对无人机各个过往时刻的空间位置数据智能预测其在未来时刻的空间位置数据，以在预测的空间位置数据处于禁飞区域内时，提前进行高强度的信号干扰，从而降低了违禁信息泄露的概率。