本发明公开了一种变电站监控信息验收故障诊断方法及系统，包括：从现场调试人员获取现场实际触发信号，在监控信息表中查询该信号的点号和中文描述；通过点号以及SCD文件、RCD文件、监控信息表，形成现场实际触发信号的全链路配置信息；以信号的中文描述为依据，对RCD文件、SCD文件、监控信息表进行第一次自校核；由自动验收装置接收远动输出的104报文，根据104报文获取监控信息的点号和时标；根据点号、时标，找出MMS报文、GOOSE报文中的对应信息，形成监控信息传输流；并对监控信息传输流各环节的中文描述进行第二次自校核；将监控信息传输流与全链路配置信息进行比对，找出故障点。本发明故障定位准确率高。