本申请公开了一种磷虾油微乳液凝珠及其制备方法，属于保健食品、功能食品研发技术领域。所述磷虾油微乳液凝珠包括以下质量百分数的组分：磷虾油5～10wt％、脂溶性营养物质和水溶性营养物质2～4wt％、低酯果胶0.5～2wt％、甘油30～40wt％，余量为水。本发明将磷虾油微乳液与低酯果胶凝胶结合，通过滴注法制备能够同时递送水溶性和脂溶性营养物质的凝珠，提高营养物质的生物利用度以及载药量，并且提高体系的稳定性。同时，本申请的磷虾油微乳液凝珠能降低磷虾油的腥味，使营养物质定点缓释，并且可制备成不同的尺寸以满足不同的需求。