本发明涉及一种数码印刷机柔板套位印刷控制系统，属于数码印刷机技术领域，通过采集数码印刷机在印刷效果良好时的印刷数据，构建广义回归神经网络，过程中对重复样本进行合并和取平均值处理，精确量化材料上油量对印刷材料的面积和厚度的响应；通过建立直角坐标系，计算不同坐标所对应的待印刷图像特征数据和印刷后图像特征数据之间的差值，确定需要追印的图像坐标位置，计算图像差值的方差衡量印刷图像清晰度，以控制印刷追印压力。本发明通过在数码印刷机添加柔板套位，并结合大数据分析，解决了数码印刷机利用柔板材料上油产生的上油不均匀问题，同时解决了在追印图像过程中发生重叠和不清晰的问题。