本发明公开了一种极硬岩隧道结构面及其不利组合空间分布预测方法及系统，选取目标极硬岩隧道为预测对象；提取隧道掌子面前方预设范围内的结构面产状及特征数据；将提取的结构面产状及特征数据输入至预先建立的预测模型中，生成三维地质模型，对预先构建的评价指标体系进行赋值，根据各评价指标数值对结构面及其不利组合空间分布的风险情况进行分级，根据分级结果在所述三维地质模型中对掉块、坍塌高风险区域进行提示。本发明可对极硬岩隧道结构面及其不利组合的超前预报手段进行有效补充，提高了超前地质预报精度；可指导施工单位开展靶向支护，加快施工进度，降低施工成本，降低隧道施工中施工作业人员的风险，与倡导的以人为本的施工理念相一致。