本发明公开了一种水资源系统安全多维风险识别方法，主要包括以下步骤:(1)选取所研究区域中对当地水资源系统产生影响的要素。(2)计算影响要素之间的信息传递量，构建水资源系统因果网络。(3)采用核分布模拟影响要素的累积分布函数，用多元正态Copula函数建立联合分布。(4)推求风险联合概率公式并计算在水资源系统因果网络中父节点的影响下影响要素之间的风险概率；(5)经过影响要素时间序列的标准化处理，依据因果网络的层级关系，识别无父节点的风险源要素，并剔除冗余节点和与无关节点。(6)推求的风险概率公式计算风险事件的概率，识别风险因素，本发明能够从多维角度识别水资源风险系统，提出更有利的措施。