本公开提供了一种基于多生物标志物的土壤重金属污染风险评估方法及装置。该方法包括：获取土壤中重金属元素的浓度数据；对暴露于重金属污染土壤中的生物受体进行多组学分析，得到与生物受体对应的多组学数据集；对多组学数据集进行筛选处理，得到多生物标志物数据集；根据生物受体的毒性效应特征和重金属元素的浓度数据，对多生物标志物数据集中的生物标志物进行风险等级划分，得到不同风险等级的多生物标志物数据集；根据不同风险等级的多生物标志物数据集中的生物标志物和生物标志物的权重系数，确定目标多生物标志物数据集；根据目标生物标志物对应的权重系数和目标生物标志物，对土壤重金属污染风险进行评估。