本发明公开一种套管螺纹接头损伤识别评估方法及系统，包括：选取若干对接头公端和接头母端作为基准样本，在基准样本中选取一对进行上扣拧接，记录最终扭矩值和最大磁强度值；将设置缺陷后的螺纹接头进行上扣拧接后，记录最终扭矩值和最大磁强度值；基于正常和损伤的螺纹接头的最终扭矩值和最大磁强度值；获取损伤基准系数；对相同规格的其他套管螺纹接头进行上扣拧接，记录最终扭矩值和最大磁强度值，根据损伤系数公式计算该套管接头的损伤系数；基于损伤基准系数、损伤系数和损伤评估原则，判断套管螺纹接头是否存在损伤及损伤等级。本发明综合考虑套管螺纹接头的扭矩指标和磁强度指标，全面地反映套管螺纹接头损伤状况。