本发明涉及完卫星技术领域，具体公开了一种磁浮卫星平台的融合姿态测控方法及系统，其中方法包括：S101，获取机体传感器测量的机体绝对角速度、载体传感器测量的载体绝对角速度以及磁轴承传感器测量的机体相对于载体的角速度，根据机体绝对角速度、载体绝对角速度和机体相对于载体的角速度分别确定载体和机体的绝对位姿和相对位姿；S102，根据欧拉动力学方程建立载体动力学模型，根据载体动力学模型构建基于低通滤波的载体控制器；S103，利用载体控制器提取低频姿态机动信号，并对低频姿态信号进行跟随；S104，建立机体动力学模型，根据机体动力学模型构建机体抑振控制器；S105，根据磁间隙建立自适应函数，根据自适应函数确定载体和机体的避碰控制器。