一种构网型储能变流系统并联运行的控制方法及系统，包括：获取各储能单元的SOC状态值；基于预设的第一算法，获取有功功率分配系数和无功功率分配系数；获取逆变器的短路比，基于预设的第二算法，获取惯量系数；根据所述有功功率分配系数和无功功率分配系数，基于预设的第三算法，获取第一频率参考值和第一电压参考值；根据所述第一频率参考值和第一电压参考值对储能单元进行控制；根据所述第一频率参考值、第一电压参考值和惯量系数，基于预设的第四算法，获取第二频率参考值和第二电压参考值；根据所述第二频率参考值和第二电压参考值对逆变器进行控制。本发明通过基于储能系统SOC和变流系统SCR状态变化的配比环节和惯量控制，提高了系统稳定性。