本发明涉及基于神经网络的报文协议识别方法及系统，其先获取多个报文数据包，然后基于相似度筛选得到多个目标报文序列，最后根据相同位置的数值的差异，得到报文特征向量，通过预设神经网络分析模型得到报文数据包的协议种类。相比于现有技术，本发明能够通过报文数据包的差异进行自动筛选和整理分析，然后利用先进的神经网络技术进行识别，以方便快速地识别出报文数据包采用的通讯协议，进而方便后续使用现有的协议转换硬件或软件进行协议转换。本发明可以和现有的协议转换硬件或软件结合至一起，实现不同协议的设备之间的快速连接，极大地缩短了智能水电站中网络系统的搭设，并且还为后续的系统的拓展修改提供了极大的便利性。