本发明涉及一种苹果早期落叶病菌跨界传递milRNA(AltmilR823)及其防治方法。本发明提供所述跨界AltmilR823在感病品种接菌后的原位杂交，通过加有5，6‑FAM修饰的锁核酸探针，在接菌后的GL‑3叶片中检测到AltmilR823。本发明还提供所述AltmilR823的靶基因MdPECL4在改良苹果品种的应用，通过将MdPECL4过表达在植物表达载体上，导入苹果早期落叶病感病苹果中，可提高植物的抗病性。由于MdPECL4是通过过表达苹果自身基因发挥功能，相比转入外源抗性基因的苹果植株更安全，且更易于被消费者接受。