本发明提供了一种基于层级分类策略的航天器科学数据归档方法及系统，能够实现MBSE研制模式下大量科学数据的归档。根据不同类别科学数据的特点及价值分析，结合航天器总体、分系统、单机系统工程研制模式，采用分层分类的方式，基于数据仓、数据域和数据单元的科学数据归档体系结构，支撑MBSE航天器研制模式下基于不同研制阶段的科学数据归档工作，实现MBSE研制模式下产生的科学数据资源的分类、关系构建和归档，填补了航天器研制领域科学数据归档空白，为科学数据的管理实践提供指导借鉴。