本发明提供了一种基于硫吡啶盐和吡喃盐结构的核酸染料及其制备方法和应用，所述核酸染料选自具有如式I或式II所示结构的化合物、其盐或其异构体，其中X+选自氧或硫；Y‑为单价阴离子；n选自0、1、2、3、4或5；M选自羟基、碱金属或N‑羟基丁二酰亚胺。本发明提供了一种新型基于硫吡啶盐和吡喃盐结构的核酸染料以满足分子生物学领域对更安全、更精确、更便捷、更高效、更兼容、更经济且更稳定的核酸分析需求。开发这种新型染料可以减少毒性，提高特异性和敏感性，简化操作流程，扩展兼容性，减少浓度要求，提高稳定性，以及提供更加优秀的光学性能，从而改善核酸分析的效率和可行性，同时降低对实验人员和环境的潜在危害。